Frederiksholm sogn blev oprettet i 1922, hvor grunden på Louis Pios Gade blev købt til en ny kirke. De første planer var storstilede; der skulle være et stort kirkerum, et menighedshus og et tårn med spir. Man byggede dog først menighedshuset og indviede herefter menighedssalen til kirke.

Først i september 1951 blev fuldførelsen af Frederiksholm kirke bevilliget. Man holdt sig dog ikke til de oprindelige planer, for det nye, store kirkerum blev ikke bygget og tårnet måtte undvære spir. Til gengæld blev den gamle kirkesal forlænget med 8 meter og gjort lysere og venligere. Den 31. august 1952 kunne den færdige Frederiksholm kirke så blive indviet - 25 år byggeriets start.

I dag er bygningerne de samme, men der er naturligvis sket fornyelser. Der er kommet nye kirkebænke i massiv eg og gulvene er blevet afhøvlet og dermed gjort lysere. Desuden er der kommet et smukt håndvævet kortæppe foran alteret. Døbefonten stammer helt tilbage fra 1918, hvor Frederiksholm Teglværk skænkede den til kirken. 

Lidt om orglet
Hovedparten af orglet er bygget af Frederiksborg Orgelbyggeri i 1968, men fik fornyet 3 registre og blev desuden omintoneret af Poul-Gerhard Andersens Orgelbyggeri i 1992. En stor del af mekanikken blev fornyet af P.G Andersen & Bruhn i 1996.

Orglet har 16 registre (stemmer) fordelt med 6 i hovedværket, 6 i svelleværket (brystværket) og 4 i pedalet. Instrumentet indeholder mere end 850 orgelpiber. Den klanglige disposition gør orglet til et barokorgel.

Alle 4 registertyper er repræsenteret:

• Principaler - med en bærende, syngende klang.
• Fløjteregistre - klangen kan sammenlignes med klangen fra blokfløjter og tværfløjter.
• Aliquot-registre - som er en slags klangkrydderi - en glitrende top på klangen.
• Rørblads-registre - klangen kan sammenlignes med klangen på en obo eller fagot.